Hvordan åpne en PDB fil
Protein Bank data benytter en PDB format for å lagre eksperimentelt bestemte strukturelle data i proteiner og nukleinsyrer. En PDB-fil er en tekstfil som består av to deler: en overskrift og en liste over atom koordinater. Overskriften er vanligvis de første 300 til 600 linjer i filen som inneholder informasjon om protein (for eksempel navn, referanse, sekvens og krystallografiske statistikk) og er tilgjengelig med åpning som en tekstfil. Atomic koordinater tillate visualisere en proteinstruktur ved hjelp av visse programmer, f.eks DS Visualizer, en som er fri programvare fra Acccelrys Inc.
Bruksanvisning
med WordPad
1 Naviger til PDB filen ved hjelp av Windows Utforsker.
2 Klikk for å utvide "Andre programmer" -listen. Bla nedover i listen og finn "WordPad".
3 Dobbeltklikk på "WordPad" for å åpne PDB filen i editoren.
4 Rull ned filen og les proteinet informasjon.
Med Accelrys DS Visualizer
5 Klikk "Start" i Windows XP / Vista og åpne "Alle programmer" -listen.
6 Rull ned programlisten og finne "Accelrys DS Visualizer" -mappen. Åpne mappen og klikk på "DS Visualizer" for å starte programmet. Merk: I stedet for trinn 1 og 2 kan du klikke på DS Visualizer ikonet på skrivebordet.
7 Klikk på menyen "File"> "Open" i DS Visualizer. Bla til PDB filplasseringen og dobbeltklikker på filen. Strukturen skal vises i DS Visualizer vinduet.
Accelrys DS Visualizer Installasjon
8 Naviger til Discovery Studio Visualizer registreringsskjemaet.
9 Fyll ut registreringsskjemaet med enkel informasjon (navn, din tilknytning, adresse og e-postadresse). Klikk "Send skjema".
10 Sjekk e-boksen gitt i trinn 2 i 3 til 5 minutter. Du vil motta en e-post fra Accelrys med emnet "DS Visualizer ... Last ned informasjon."
11 Åpne e-posten og klikk på linken til høyre under "DS Visualizer for Windows." Klikk deretter på "Kjør" for å lagre filen i en midlertidig mappe og automatisk starte installasjonen etter det.
12 Klikk "Kjør" igjen, og deretter på "Next" for å starte installasjonen. Installasjonen tar 2 til 4 minutter.