Hvordan Juster FASTA til en Reference

Maq - eller Kartlegging og Montering med kvaliteter - er et program som brukes i neste generasjons sekvensering maskiner, spesielt Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer. Programvaren bruker kort leser til å generere kart forsamlinger. Maq bruker FASTA format å konvertere leser fra binære til lesbar informasjon. Kartet kommandoen brukes for å innrette leser eller lynraskt til en referansesekvens.

Bruksanvisning

1 Åpne Maq, og skriv "MAQ fasta2bfa in.ref.fasta out.ref.bfa." Change ref.fasta til navnet på FASTA fil. Dette vil konvertere FASTA filen til en Maq binært filformat eller en binær FASTA.

2 Match et enkelt FASTA binær fil til en lese-fil. Skriv inn følgende kommando: MAQ kamp out.map ref.bfa reads.bfq. Denne kommandoen vil matche og justere FASTA leser filene til referansen. Denne kommandolinjen vil justere filer med opptil tre uoverensstemmelser.

3 Rett flere FASTA lese filer til en FASTA binær referansefilen. Skriv denne kommandoen i Maq: ". Maq kamp out.map ref.bfa reads1.bfq reads2.bfq" Erstatt reads1.bfq og reads2.bfq med navnene på .bfq filer. Disse lese filer må inneholde samme antall leser, og tittelen på n-te sekvens i de første lese filer må være den samme.

4 Se kartet over justeringer, ved å legge inn følgende sekvens i Ma: «MAQ out.aln.map" og deretter skrive "MAQ mapview out.map" Dette åpner justeringer av fasta filer for brukere å vise og inspisere. Husk navnet Maq gir kartet fil.

5 Bruk mapmerge kommandoen til å kombinere flere kart og justere grupper av FASTA leser leser filer. Input "MAQ mapmerge out.map in1.map in2.map in3.map," erstatte 1.map, 2.map amd 3.map filer med dine .map filer.

6 endre kartleggingen justering montering manuelt. Skriv "MAQ montere out.cns ref.bfa in.map." Feilene og konsensussekvenser vil bli plassert i out.cns filen. Åpne .cns i maq, og justere alle FASTA referansefiler for å justere med lese filer.

Hint

  • Den Maq Programvaren fungerer på sitt optimale tilstand hvis leser i en fil er begrenset til rundt to millioner. For større lese filer, batch dem sammen med to millioner leser i hvert parti, og bruke kartet merge for å justere alle FASTA filer.
  • Behandler mer enn 100 millioner leser i ett kart eller kart merge kan føre til at operativsystemet til feil - noe som resulterer i feil og uoverensstemmelser.