Hvordan konvertere en PDB til en FASTA

PDB filtype det står for "protein data bank" og inneholder i det tekst som beskriver den tredimensjonale strukturen av molekylære proteiner. Den brukes til å lagre informasjon i det proteindatabanken, som er en stadig voksende database som viser alle de kjente proteiner. Den FASTA filtypen brukes av DNA-analyse programvare for å lage to-dimensjonale representasjoner av proteiner og vurdere deres likhet. PDB-filer kan konverteres til fasta filer, slik at disse to-dimensjonale representasjoner av proteiner kan studeres. De to-dimensjonale representasjoner er langt enklere å analysere og sammenligne enn den tredimensjonale versjonen, og det er av denne grunn at forskere noen ganger foretrekker å gjøre sitt arbeid i FASTA programvare.

Bruksanvisning

1 Last ned Advanced Protein Sequence Converter knyttet i Resources. Dette er den eneste tilgjengelig programvare som vil konvertere PDB til FASTA.

2 Installer Advanced Protein Sequence Converter på din datamaskin.

3 Åpne avansert Protein Sequence Converter program.

4 Klikk "Fil" og deretter "Åpne fil".

5 Velg PDB fil fra nettleservinduet som åpnes.

6 Klikk "Open".

7 Velg "Å FASTA Format" i "Export" overskriften på nedre høyre side av programmet.

8 Klikk på "Alternativer" og deretter "Innstillinger".

9 Velg strengen lengden du ønsker din FASTA filen som skal eksporteres til.

10 Klikk på "OK".

11 Klikk på "Export" -knappen. Din PDB filen vil nå bli omgjort til en FASTA fil med protein hyssinglengder som du utpekte.