Slik pakker du ut unaligned leser fra et BAM

BAM-filer er binære formater av sequencer lesere. De lagrer vitenskapelige nucleotide data i et komprimert format, blande både justert og unaligned leser sammen. De styres med "bam2fastq" -verktøyet, en datamaskin kommando som kommer ferdig installert med mange nukleotid-sekvense programmer (du kan også få det gratis.) Hvis du vil trekke den unaligned leser fra en BAM-fil, så er alt du trenger i Windows kommandolinje.

Bruksanvisning

1 Skriv "bam2fastq" i Start-menyen søkefeltet for å sørge for at du har verktøyet (du trenger ikke å åpne den.) Hvis du ikke gjør det, får det gratis i Resources.

2 Skriv "cmd.exe" i Start-menyen søkefeltet. Klikk på "cmd.exe" når det vises ovenfor. Dette åpner vinduene kommandolinjen.

3 Type "bam2fastq --unaligned FILELOCATION.bam" (uten anførselstegn) i kommandovinduet.

4 Erstatt "FILELOCATION" med plasseringen av BAM-filen. Bruk format C:. \ 1 Mappe \ mappe2 \ File.bam "

5 Hit "Enter". Dette vil komme opp et tekstvindu med unaligned leser fra den aktuelle BAM-fil.