Slik søker PDB for nybegynnere

Slik søker PDB for nybegynnere


Protein Data Bank (PDB) er et elektronisk arkiv av informasjon om strukturer av proteiner, proteinkomplekser og nukleinsyrer - DNA og RNA tråder. PDB inneholder verktøy for å søke i arkivet, samt organisere og kommentere opplysningene. Forskere kan slå opp tredimensjonale bilder av protein og nukleinsyre-syre strukturer, og bruke elektroniske verktøy for å manipulere bildene. Nettstedet inneholder også eksperimentelle data, pedagogiske ressurser og informasjon om protein familier og interaksjoner. Forsknings Collaboratory for Structural bioinformatikk opprettholder databanken.

Bruksanvisning

1 Velg emner fra menyene på venstre side av skjermen. PDB-101-menyen fremhever en "Molecule of the Month", en månedlig artikkel som vil vise deg et eksempel på molekylene som finnes i databasen. "Forstå PDB data" beskriver hva slags informasjon du kan slå opp i PDB.

2 Skriv inn et søkeord i søkefeltet øverst på siden. Mulige søk inkluderer en database ID; et molekyl navn; en proteinsekvens; eller forfatteren av en forskningsrapport eller prosjekt. Boksen tar også wild-card søk, boolske operatorer - "og" eller "eller" for eksempel - og sitater av eksakte fraser som søkeparametre for å ta deg til riktig side.

3 Bruk kategoriene øverst på bestemte sider for å velge den informasjonen du ønsker om et bestemt molekyl. Ved å klikke på fanene på siden for ringfingeren protein, en sinkbindende molekyl, kan du lære om proteinets molekylgeometri; de forskningsmetoder som brukes til å analysere det; aminosyrer som utgjør proteinet; og se lister av proteiner med tilsvarende aminosyresekvenser eller tredimensjonale strukturer.

Hint

  • Du kan bla gjennom data banken på en Android eller iPhone, men som i tidlig 2012, er begrenset støtte.
  • For å lese tutorials og hjelp seksjonen, må du ha Adobe Flash Player installert på din datamaskin.
  • Arkivet oppdateres ukentlig, onsdag.